Le scénario de la série animée reprend plusieurs morceaux des différents scénarii du jeu. Les grandes lignes sont celles du premier, Fate/Stay Night. Les principales différences sont les suivantes :

La scène où Rin agresse Shirô à l'école le soir parce qu'elle est énervée qu'il ne prenne pas sa position au sérieux vient directement du scénario Unlimited Blade Works. Dans le jeu, lorsque Rin lui porte secours suite à l'intervention de Rider, Archer est également présent et provoque Shirô et Saber, en prévision du combat Archer/Shirô.

La scène du combat entre Archer et Berserker n'est absolument pas montrée dans le jeu. Shirô, Rin et Saber s'enfuient vers la cabane où ils participent à une séance de régénération de mana, puis une interlude montre l'issue du combat qui a duré 1/2 heure. Archer disparaît, et Berserker porte de sévères traces. Les jambes fondues, le cou dévoilant la marque d'une décapitation récente, un bras presque tranché au niveau du coude, l'épaule ouverte jusqu'à la ceinture, une énorme blessure sur le torse, et l'estomac ouvert, tel est l'état dans lequel Berserker termine son combat. La scène dans la cabane est une scène hentaï, remplacé dans l'anime par Shirô trouvant un dragon dans le corps de Saber (en référence au sang de dragon du roi Arthur Pendragon), ainsi que Saber entourée d'un cercle composé de points de lumière, très probablement la Table Ronde.

L'embuscade mise en place par Rin sur Kuzuki se passe dans Unlimited Blade Works. Dans Fate/Stay Night, Caster, après avoir perdu Kuzuki et Assassin (il est révélé que Gilgamesh en est responsable) attaque directement la maison de Shirô, tentant de le frapper de son « Rule Breaker », avant d'être abattue par « Gate of Babylon ». Dans Unlimited Blade Works, suite à l'embuscade, Caster revient le soir après le rendez-vous entre Shirô et Rin, prend Taïga en otage et frappe Saber du « Rule Breaker ». Dans l'anime, il semble que le seul effet est d'empêcher Saber de rendre son épée invisible, alors que dans Unlimited Blade Works, le contrat entre Shirô et Saber est bien rompu. Caster vole les marques de commande de Shirô immédiatement après, préparant la trahison d'Archer.

Le style de combat de Kuzuki est bien plus impressionnant et unique dans le jeu : le style du serpent a la particularité de changer complètement d'angle d'attaque au milieu du mouvement, surprenant jusqu'à l'instinct de combat de Saber en la frappant derrière la tête.

C'est dans le scénario Heaven's Feel qu'il est révélé (plus explicitement) que Rin et Sakura sont sœurs. L'enlèvement de Sakura par Caster ne figure nulle part, et l'habit qu'elle lui fait porter ne se retrouve pas non plus, si ce n'est qu'il a un léger air de ressemblance avec celui de Caren Ortensia dans Fate/Hollow Ataraxia. À l’origine, la Sakura de l'anime dès l’épisode 18, est basée sur Dark Sakura du dernier scénario, mais les vêtements sont différents, et Sakura est parfaitement consciente des tentacules d'ombre qu'elle envoie sur Rin et Shirô.

Le jeu parle beaucoup de différents types de magies, point moins développé dans la série :
La première s'appelle Denial of Nothingness (reniement du néant) mais ses propriétés sont très, très floues. Cette Magie est décrite ainsi : « as long as there is a void, the world can continue to move across it » (tant qu'il y a du néant, le monde peut continuer à progresser). Il semblerait que la boucle de Fate/Hollow Ataraxia soit basée dessus.
La seconde, Kaléidoscope. Magie dont Kishua Zelretch Schweinorg est le détenteur et qui lui permet de manipuler les dimensions et d'ouvrir des brèches sur une infinité d'univers parallèles.
La troisième, Heaven's Feel (matérialisation de l'âme) appartient à la famille Einsbern et plus particulièrement à Lizleihi Justicia Von Einsbern, puis transmise à Ilya. Il permet de restituer le corps d’une personne si l’âme est toujours vivante ou de ramener les morts d’outre-tombe, en théorie. Cette Magie est prisée pour l’accès à l’immortalité.
La quatrième est absolument inconnue, et on sait même pas si son utilisateur est vivant ou mort.
La cinquième, celle d'Aozaki Aoko (surnommé Magic Gunner), peut détruire tout plein d’éléments. Cette Magie ce nomme Blue et offrirait la possibilité de voyager dans le temps mais cela reste une supposition