Fate/Stay Night n'est pas un animé comme les autres, qui développe un scénario et s'arrête là. Ici, plusieurs séquences et personnages, issus de différentes mythologies imprègnent l'histoire, qui est d'ailleurs tournée vers la quête du Graal.

Cette légende du Saint Graal est enveloppée d'un épais mystère et personne ne pourrait expliquer précisément l'épopée de cet objet légendaire. Le mot « graal », qui vient du latin médiéval cratella , signifiant vase, désigne en vieux français une coupe ou un plat creux. Dans la tradition moyenâgeuse, ce Graal s'apparente à une mystérieuse coupe aux pouvoirs magiques, objet convoité notamment par les Chevaliers de la Table ronde. Mentionné pour la première fois sous forme écrite au XIIème siècle par Chrétien de Troyes avant d'être repris par Wolfram d'Eschenbach vers 1205, les origines du Graal restent cependant floues.

Selon certains, la gemme tomba du front de Lucifer dans le jardin défendu, lorsqu'il fut précipité dans l'abîme, suite à son combat contre Saint-Michel. Adam et Eve, qui avaient trouvé cette pierre précieuse, ont été autorisés à la garder avec eux, lorsqu'ils furent chassés du paradis terrestre. De générations en générations, la pierre serait arrivée jusqu'à Ponce Pilate, qui l'aurait faite tailler en forme de coupe d'émeraude (pierre de la Connaissance ) pour son ami Joseph d'Arimathie, disciple du Christ. Ce dernier aurait recueilli le sang divin tombé des blessures du crucifié, suite au coup de lance du centurion Longinus. Près de trois cents ans plus tard, l'un des chevaliers de la table ronde, Galahad, affirme avoir vu ce que recèle le Graal, dans les mains du disciple encore en vie. La quête du Graal est une bien difficile épreuve qui finalement, aboutit au dépassement de soi, à la réalisation de l'être.

A travers les âges, beaucoup ont convoité cet objet que l'on peut considérer comme magique et inaccessible. Magique, car seul un être au cœur pur pourra le posséder, et inaccessible car jamais personne ne l'aura vu, à moins que les dires de Galahad n'eurent été vrais. Qu'apporte réellement le Graal ? Il est censé apporter l'éternité à quiconque l'aura en sa possession. Concrètement, la quête de l'inaccessible renforce grandement le physique de ceux qui sont à sa recherche. Les épreuves les ont forgés aussi mentalement, d'où l'aboutissement au dépassement de soi. D'ailleurs Saint Graal est écrit « sangreal » dans les textes du Moyen- â ge. Selon la césure opérée, on peut également retrouver « sang real » signifiant sang royal et indiquant par la même que l'objet en question ne serait finalement qu'une métaphore visant à affirmer que Jésus aurait eu une descendance. Une hypothèse farfelue mais qui a au moins l'avantage de comprendre pourquoi l'objet en question est inabordable.

Dans Fate/Stay Night, les protagonistes combattent pour être le premier à obtenir ce qu'on pourrait appeler la grâce de Dieu. Le Graal ouvrirait la porte à n'importe quel souhait, bon ou mauvais. Dans l'univers de Kinoko Nasu (l'auteur), il ne s'agit pas nécessairement du Graal de la Bible qui a recueilli le sang du Christ, mais "d'un" Graal en tant qu'objet miraculeux qui permet d'exaucer le souhait de la personne qui l'obtient. Comme l'indique Kotomine à Shiro lors de leur première rencontre à l'église de Kotomine, il s'agit du 726ème Graal recensé par l'Église.

Il y a deux cents ans, trois grands sorciers de la ville de Fuyuki, Makiri, Einsbern et Tohsaka, s'étaient alliés pour découvrir les secrets du troisième type de magie, celui qui permet, entre autre, l'immortalité de l'âme. Lorsqu'ils sont parvenus à créer un Graal comme "porte" vers cette magie, une dispute a éclaté entre eux. Arrive alors Zelretch, le grand sorcier renommé que l'on dit immortel, qui les met d'accord en leur proposant un tournoi visant à leur faire prouver leur valeur en tant que sorcier. Ce tournoi devient la guerre du Graal de Fuyuki. Le Graal étant une entité spirituelle, il ne peut être touché que par une autre entité spirituelle : c'est pourquoi les magiciens qui désirent le Graal ont besoin d'invoquer un être spirituel, les sept Maîtres participants font appel à sept Servants.

Il y a eu jusqu'ici quatre guerres, en moyenne espacées de soixante ans. La troisième a été un désastre suite à l'invocation accidentelle d'une entité non désirée qui a corrompu le Graal. La quatrième est survenue dix ans plus tôt et s'est achevée en catastrophe par la destruction d'une partie de la ville. Les guerres du Graal ne sont visiblement pas exactement un franc succès. Parce que le Graal reste malgré tout un objet d'origine divine, et aux vues des dangers que représente la guerre, l'Église envoie depuis deux guerres un superviseur qui veille au bon déroulement de la guerre et du respect de ses règles. C'est le poste qu'occupe aujourd'hui Kotomine Kirei, comme son père pour la guerre précédente.