Elle se déroule en moyenne une fois tous les soixante ans (c'est la cinquième fois qu'elle prend place à Fuyuki. La première a eu lieu en 1800 avec Tohsaka Nagato, Makiri Zouken et Lizleihi Justicia Von Einsbern, la seconde entre 1860 et 1880, la troisième en 1940, la quatrième en 1992 et la cinquième du 2 février au soir jusqu'au petit matin du 15 février 2002 et du 8 au 11 octobre 2002 dans le scénario Fate/Hollow Ataraxia ).

Sept maîtres sont désignés et ne peuvent plus faire marche arrière. Chacun reçoit un servant et mène un combat pour obtenir le Saint Graal. Un homme supervise le tout. Il vit au sein de l'église de Kotomine. Le poste de superviseur a été mis en place suite à la troisième guerre, par l'Ordre des magiciens du fait que les Maîtres s'entretuaient indifféremment sans réfléchir et qu'ils causaient pas mal de dommages collatéraux , motivés par leurs propres désirs et leur soif de pouvoir. Le premier en charge fut le père de Kotomine Kirei.

Les Servants sont des héros légendaires qui ont été réincarnés par le Saint Graal. En temps normal, ils accompagnent les Maîtres sous forme spectrale, mais au besoin, on peut les matérialiser et les faire combattre.

Si un Maître met la main sur le Saint Graal, il pourra exaucer n'importe quel vœu. Sachant que le Saint Graal choisit lui-même le candidat le plus approprié pour être son propriétaire. Il fait combattre les prétendants et en choisit un seul. Par conséquent, un seul Maître peut accéder au Graal. Mais il n'est pas mentionné que les Maîtres doivent s'entretuer. Le Saint Graal est une entité spirituelle et seuls les Servants qui sont aussi des corps spirituels peuvent le toucher, tout comme seul les magiciens peuvent le conjurer. Il ne doit rester qu'un Servant, pour que le Graal apparaisse devant lui. Si ce Servant boit dans le Graal, il pourra jouir d'une seconde vie, tant que son Maître vit. Un Maître ne pourra pas facilement tuer un Servant car plus faible. Pour cette raison, il est plus facile de s'attaquer directement au Maître puisque les deux sont liés.

Toutefois, un Servant qui a perdu son Maître ne disparaît pas immédiatement. Il est possible qu'un autre Maître possédant toujours un Reiju, conclut un nouveau pacte. Ce qui signifie qu'un Maître ayant perdu son Servant et vice versa, peut s'associer et reprendre le combat. Si un Maître n'a plus de Reiju, il sera libéré de ses responsabilités et le Servant pourra alors aller conclure un pacte avec un autre Maître.

On reconnaît les Maîtres à la marque sacrée qu'ils portent sur le dos de la main, appelée Reiju. Ces marques sont au nombre de trois et confèrent au porteur, une autorité absolue sur le Servant. Si ce dernier refuse d'exécuter un ordre, le Maître peut avoir recours à l'un des sceaux pour le forcer. Il peut aussi céder ses marques à un autre Maître. Le Reiju permet aussi de faire appel à son Servant dans les situations difficiles pour qu'il apparaisse instantanément. Les Servants étant soumis au pacte, doivent exécuter les ordres de leur Maître. Tout témoin d'un combat entre Servants doit être réduit au silence.

Peu importe quel genre de personne obtient le Graal. Bon ou mauvais, l'Ordre des magiciens n'interviendra pas. Leur rôle s'arrête à faire respecter les règles de la guerre du Saint Graal.

Les Servants étant des entités spirituelles, ils augmentent leur réserve d'énergie en se nourrissant du mana de leur Maître ou d'âmes humaines. Des Maîtres peu scrupuleux peuvent donc ordonner à leur Servant d'attaquer des humains pour se nourrir de leur âme. Cependant, certains Servants comme Saber trahiraient le serment de chevalier s'ils devaient attaquer des humains non armés.

Un Maître à l'esprit noble invoquera un Servant de nature similaire. Un Maître à l'esprit mal intentionné fera appel à un Servant à l'esprit pervers. Un magicien a le droit d'invoquer un Servant, même s'il est lui même un Servant.

Il y a une possibilité d'invoquer le Saint Graal sans passer par la guerre. Pour cela, il suffit de concentrer une très grande quantité de mana, comme celle émanant des humains. Cela implique donc de nombreux sacrifices, un peu comme la Pierre Philosophale dans Fullmetal Alchemist.

L'arme d'un Servant liée à l'Eirei, mais aussi sa compétence/puissance ou sa capacité magique, sont strictement liées à son histoire et à ses expériences personnelles. Cette aptitude est la plus puissante et les Servants tentent de l'utiliser qu'en cas d'urgence afin de maintenir leur identité secrète. Pour employer la puissance du Hougu, ou Noble Phantasm, le Servant doit l'appeler par son vrai nom. Mais attention car cette attaque spéciale vide certains Servants de leur mana, élément indispensable pour maintenir leur enveloppe physique. S'ils utilisent toute leur mana, les Servants sont amenés à disparaître.

Dormir est la meilleure façon de récupérer plus vite de ses blessures. Au passage les Servants ne rêvent pas mais peuvent voir le rêve de leur Maître grâce à leurs connexions spirituelles. La seconde solution, le Maître doit fournir sa mana au Servant ou ce dernier doit accumuler la mana des âmes humaines. De cette façon, il peut également survivre à l'après-guerre.