Il y a 1000 ans, la famille Einsbern a perdu la Troisième Magie qu'elle contrôlait, et n'ont eu de cesse de tenter de la récupérer depuis. Il y a 200 ans, Lizleihi Justizia von Einsbern est allée au Japon, un pays peu surveillé par l'Association et les mages, afin de mettre au point une méthode nouvelle. Tohsaka Nagato, avec sa famille, était maître d'un lieu propice au développement de cette méthode. Alors que Tohsaka Nagato était le premier de sa famille à apprendre la sorcellerie sous l'enseignement de Kishua Zelretch Schweinorg, il a accepté de soutenir les Einsbern dans leurs recherche. Makiri Zolken, lui, est arrivé à la même époque, descendant d'un illustre et puissant mage d'il y a 300 ans. Mais la lignée Makiri perdait déjà en puissance du temps de Zolken, alors qu'il se joignait à Justizia et Nagato, formant alors ceux que l'on appelera ensuite "les trois premières grandes familles" dans le cadre de la Guerre du Graal de Fuyuki.
La famille de Zolken (ayant depuis pris le nom de Matou Zouken) étant assez douée dans la manipulation de démons familiers, a inventé le système des sorts de commande, pendant que les Einsbern développaient une imitation de leur Troisième Magie pour parvenir à invoquer les Servants. L'idée des Einsbern était d'amasser une grande quantité d'énergie spirituelle pour créer une percée, une "porte" vers leur Troisième Magie. Hors, les âmes héroïques représentent une quantité d'énergie potentiellement utilisable. Justizia et ses circuits magiques ont constitué le coeur du système central, le "Grand Graal" qui permettrait la création d'une copie de l'âme héroïque. Tuer la copie devait permettre de recueillir la puissance de son âme dans le Graal lui-même - le récipient. Il s'agit de la "robe céleste" que porte Ilyasviel dans le scénario Heaven's Feel. On note qu'un humain ne peut la toucher sous peine d'être transformé en poussière d'or. C'est pourquoi seul un elfe, nain, fée ou un homoncule peut la porter. La robe comporte sept anneaux qui recevra l'énergie - soit les âmes des Servants tués. L'homoncule lui-même devient alors le Graal.
La première matérialisation du Graal fut un échec complet du fait d'un manque de puissance avec seulement les trois familles initiales. Lors de la deuxième tentative, 60 ans plus tard, il a fallu faire appel à quatre mages externes, mais il ne fallait pas leur révéler l'objectif réel. Zelretch a suggéré d'en faire une démonstration de force à l'issue de laquelle le vainqueur se verrait exaucer un souhait. C'est aussi cette idée qui fut utilisée pour s'assurer que les âmes héroïques invoquées, même si elles ne seraient que des copies, accepteraient de se faire tuer. Il s'agit bel et bien d'un leurre pour attirer l'attention, encore qu'il est probable que le Graal soit capable d'exaucer certains souhaits. La seconde Guerre fut apparemment un massacre général.
Pour la troisième tentative, les Einsbern décidèrent d'invoquer le plus puissant des Servants pour exterminer tout le monde : cette tentative s'est soldée par une erreur imprévue lorsque c'est un vide informe qui répondit à l'appel, Angra Mainyu, Avenger. Le résultat fut un cuisant échec puisqu'Avenger fut tué au quatrième jour par les deux Saber des soeurs Edelfelt. C'est là qu'un grave problème s'est produit : Avenger a rejoint le Graal, mais de par sa nature de "souhait" de millions de personnes, l'incarnation du mal, il a corrompu le Graal. C'est à la suite de cette guerre que l'Église et l'Association décident d'envoyer un membre de l'Église en tant que superviseur pour les prochaines guerres : apparemment, cette guerre a généré un peu trop de dommages collatéraux et l'Église comme l'Association s'accordent à penser qu'il faut rester discret. Le jeune Kotomine Risei est désigné pour s'assurer que le poste sera occupé pour la prochaine guerre.
Pour la quatrième Guerre, ils ont fait appel au "tueur de mages" Emiya Kiritsugu, le mariant à Irisviel. À l'issue de la guerre, Kiritsugu a découvert cette contamination et a tenté de détruire le Graal corrompu (trahissant les Einsbern au passage), pensant réussir. Mais Avenger a offert un coeur noir à Kotomine Kirei, en remplacement de celui franchement perdu par une balle de Kiritsugu, et a exaucé le souhait de Kirei : tout détruire, soit destruction du quartier de Miyama. Après la destruction d'un Graal qui n'était pas le système central, Zouken a découvert lui aussi la présence d'Avenger, et a tenté de créer un de ses vers pour l'implanter en Sakura avec les autres. Zouken a alors perdu de vue l'objectif initial qui l'avait poussé à s'associer à Justizia. Après la mort de Risei, son fils Kirei prend sa place en prévision de la prochaine guerre.
C'est dans la cinquième Guerre (celle où les Einsbern, rendus malades par les trahisons subies, ont invoqué Héraclès, la plus légendaire âme héroïque), dans le scénario Heaven's Feel, qu'Avenger se manifeste à nouveau à travers Dark Sakura. À l'issue de Fate/Stay Night, le Graal est définitivement détruit quelque soit le scénario suivi : après Fate ou Unlimited Blade Works, Waver Velvet alors nommé Lord El-Melloi II, démantèlera le Grand Graal après que Shirô détruise le Graal normal comme Kiritsugu dix ans plus tôt. Le scénario Heaven's Feel voit soit Shirô détruire le véritable Grand Graal pour de bon, soit Ilyasviel fermer définitivement la "porte". Dans Fate/Hollow Ataraxia, Avenger recrée un monde piégé dans une boucle où il tente de revivre sa troisième Guerre avec les participants de la cinquième, pour rejoindre le Grand Graal (un faux, puisque le vrai est détruit).